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Breedbase软件有助于加快作物改良


植物育种是人们改善植物性状的过程,例如增加产量或使其对疾病具有抵抗力。传统上,育种者和农民通过杂交具有理想特性的植物来做到这一点,比如更大更美味的水果。但传统的植物育种是一个漫长而缓慢的过程,需要几代人才能取得成果。

在当今的基因组学时代,植物育种发生了翻天覆地的变化。在一种称为“基因组选择”的方法中,育种者确定植物品系的基因组特性并将它们与性状相关联,这使他们能够根据基因组信息预测性状。植物育种者根据这些预测做出决策,比传统的种植和观察植物的方法要快得多。?

然而,基因组方法产生的大量数据可能难以管理,特别是对于发展中国家的小型育种计划。为了对育种者和研究人员有用,数据需要存储在具有精确组织、数据管理、质量控制和分析的专业数据库中。

到目前为止,植物育种者和研究人员通常使用电子表格以非标准化的方式收集数据,因此很难相互组织、共享和分析数据。获 取 更多前沿科技?研究 进展访问:https://byteclicks.com

Breedbase 通过创建一种通用数据语言和一个免费的数据跟踪系统来解决这些问题,该系统将改变植物育种者交流和存档所有重要育种数据的方式。博伊斯汤普森研究所的卢卡斯·穆勒 (?Lukas Mueller?) 与一个由 57 人组成的国际团队合作创建了 Breedbase,这是一个在 G3 七月刊中描述的数据库软件。

新的开源软件可以帮助植物育种者提高作物对害虫、病原体、干旱、洪水等的抵抗力。在当前人口增长和气候变化的时代,这些作物改良对于帮助养活更多世界人口至关重要。

除了存储数据之外,Breedbase 还包括育种者可以运行的算法,例如预测植物品种是否具有特定性状,例如抗病性或高产。

Breedbase 让复杂的事情变得简单。它就像一个巨大的工具箱,你需要的所有工具都集中在一起。

Breedbase 的一个关键组件是育种应用程序编程接口 (BrAPI),它标准化了数据的收集方式。这种标准化使植物育种者能够更轻松地在不同的数据库和基于计算机的育种工具之间交换数据。例如,如果一个人想在现场收集数据并且没有互联网连接,他们可以使用应用程序在平板电脑上收集数据,然后当他们返回计算机时,使用背后的 BrAPI 接口将数据下载到数据库场景。

重要的是,一切都是标准化的,因此爱荷华州种植玉米的农民和非洲种植玉米的农民将能够轻松地相互共享数据,加快发现以改善作物性状。

Breedbase 基于Mueller 实验室与 NextGen Cassava 共同开发的Cassavabase,该项目将非洲机构的木薯育种提升到一个新的水平,并使用尖端工具有效地提供改良的木薯品种。

除了木薯,至少有 50 个作物数据库已经使用 Breedbase,包括山药、香蕉、红薯、大米、西红柿和胡萝卜。

关于博伊斯汤普森研究所:

博伊斯汤普森研究所成立于 1924 年,是位于纽约伊萨卡的一流生命科学研究机构。BTI 科学家对基础植物和生命科学研究进行调查,目的是提高粮食安全、改善农业环境可持续性,并做出能够增强人类健康的基本发现。在这项工作中,BTI 致力于启发和教育学生,并为下一代科学家提供高级培训。BTI 是一家独立的非营利性研究机构,也隶属于康奈尔大学。欲了解更多信息,请访问BTIscience.org。

BTI 的 Lukas Mueller 和 Nicolas Morales 在研究所的服务器机房中

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